ไวรัสเวสต์ไนล์ยับยั้งออโตฟาจี ซึ่งเป็นระบบสำคัญที่ย่อยหรือขจัดองค์ประกอบของเซลล์เพื่อกระตุ้นการรวมตัวของโปรตีนในเซลล์ที่ติดเชื้อ กระตุ้นการตายของเซลล์และการอักเสบของสมอง ยาสามารถกระตุ้นออโตฟาจีเพื่อขจัดโปรตีนที่รวมตัวและป้องกันการตายของเซลล์ไข้เวสต์ไนล์เป็นโรคจากโรคติดต่อจากสัตว์สู่คนโดยถูกยุงที่ติดเชื้อกัด
มีรายงานการระบาดของไข้เวสต์ไนล์ทั่วโลก โดยเฉพาะในอเมริกาเหนือและยุโรป และทำให้มีผู้เสียชีวิตหลายร้อยคนในช่วงสองสามทศวรรษที่ผ่านมา หลังจากที่มนุษย์ติดเชื้อ การจำลองแบบไวรัสจะเกิดขึ้นชั่วคราวในเนื้อเยื่อส่วนปลาย ในผู้ป่วยบางราย ไวรัสเข้าสู่สมอง ทำให้เซลล์ประสาทติดเชื้อและทำให้เซลล์ตาย และกรณีร้ายแรงของโรคไข้สมองอักเสบ การติดเชื้อ WNV ทำให้เกิดการสะสมของโปรตีนในเซลล์ประสาท แต่กลไกที่มีรายละเอียดที่เป็นสาเหตุของการสะสมและสาเหตุที่ทำให้เกิดโรคทางระบบประสาทยังคงไม่ชัดเจน ยังไม่มีวิธีการที่กำหนดไว้ในการรักษาโรคไข้สมองอักเสบจากไวรัสโดยเฉพาะ ซึ่งอาจเกิดจากไวรัสประเภทต่างๆ โปรตีนของไวรัสที่เรียกว่าโปรตีน capsid ซึ่งกระตุ้นการสะสมของโปรตีนในเซลล์ประสาทโดยมีโปรตีนที่เข้ารหัสของไวรัสแสดงออกในเซลล์ประสาทที่เพาะเลี้ยง โปรตีนแคปซิดทำให้เกิดการสะสมและการรวมตัวของโปรตีนในเซลล์ที่ติดเชื้อโดยการยับยั้ง autophagy ซึ่งเป็นระบบย่อยอาหารของเซลล์ พวกเขายังพบว่าโปรตีน capsid ทำเช่นนั้นโดยรบกวนปัจจัยกระตุ้น autophagy เมื่อพวกเขาทำการรักษาเซลล์ที่ติดเชื้อด้วยยาที่กระตุ้นให้เกิดการ autophagy การรวมตัวของโปรตีนและการตายของเซลล์จะถูกระงับทั้งคู่